В ДНК бактерий обнаружена «разметка»

Новости сегодня - В ДНК бактерий обнаружена «разметка»

Ученые из НИЯУ МИФИ и ФИЦ Биотехнологии РАН разработали математический алгоритм, позволяющий с высокой точностью находить повторяющиеся элементы в геномах. Они протестировали новый подход на девяти видах бактерий, и в геномах каждого вида обнаружили ранее неизвестные повторы, образующую своеобразную «разметку» в геноме бактерий. По мнению исследователей, алгоритм поможет находить новые генетические мишени для увеличения продуктивности бактериальных штаммов или для получения новых антибиотиков.

В геномах большинства многоклеточных организмов (от дрожжей до человека) встречаются повторяющиеся последовательности нуклеотидов, где те являются своего рода буквами, из которых состоит ДНК. Каждый такой повтор имеют длину в несколько сот нуклеотидов, и они раскиданы по всему геному, сообщила доцент кафедры кибернетики Института интеллектуальных кибернетических систем НИЯУ МИФИ Мария Короткова.

По ее словам, для поиска в геномах дисперсных повторов существует множество математических алгоритмов, которые даже позволяют обнаружить «искаженные» копии, то есть те повторы, в которых произошли какие-либо мутации и последовательности которых отличаются.

«Однако подобных изменений в процессе эволюции может накопиться так много, что найти в геноме недостаточно похожие друг на друга последовательности становится невозможно», — пояснила Мария Короткова.

Чтобы решить эту проблему, ученые ищут новые подходы для обнаружения дисперсных повторов, «разбросанных» в геномах различных организмов. Ранее такие семейства повторов встречались исследователям только в геномах многоклеточных организмов, тогда как в геномах бактерий они не были известны.

Ученые из НИЯУ МИФИ и Федерального исследовательского центра «Фундаментальные основы биотехнологии» предложили новый метод поиска повторяющихся последовательностей.

«Принцип его работы можно сравнить с поиском математической матрицы, состоящих из столбцов и строк, которая наилучшим образом описывает семейство повторов. Предложенный алгоритм является оптимальным по точности нахождения «разбросанных» повторов в полном геноме, так как учитывает возможность замен нуклеотидов и их мутаций», — рассказал профессор кафедры прикладной математики НИЯУ МИФИ Евгений Коротков.

Авторы применили алгоритм для поиска повторов в геномах девяти видов бактерий. Им удалось впервые выявить у кишечной палочки три семейства повторов длиной 400–600 пар нуклеотидов, которые суммарно занимают практически 50% всего генома бактерии. Ранее у этого микроорганизма были известны подобные элементы только меньшей длины — до 300 пар нуклеотидов — и в значительно меньшем количестве.

В генетических последовательностях других бактерий удалось обнаружить 1–2 семейства столь же крупных (400–600 пар нуклеотидов) повторов.

«Можно сказать, что существует определенная разметка в геномах бактерий, похожая на километровые столбы на дороге. Обнаруженный код может служить основой для сворачивания ДНК в нуклеоид, который в значительной степени определяет экспрессию генов бактерий. Это открывает большие возможности в создании новых полезных для человека микроорганизмов», — подчеркнула Мария Короткова.

Новый подход, по мнению ученых, поможет анализировать не только бактериальные геномы, но также генетические последовательности многоклеточных организмов, например, животных и растений. Это поможет лучше понять эволюцию геномов и отдельных их элементов, а также, в случае бактерий, найти мишени для создания новых антибиотиков или повышения продуктивности ценных для биотехнологии штаммов.

Новый процесс превращает углекислый газ в ценный материал для биохимической промышленности с помощью муравьиной кислоты

Понравилась новость - поделитесь с Друзьями!

Новости партнеров:

Рубрика: Наука, Новости

Вам могло бы понравиться:

Соединение выращенных в лаборатории клеток мозга дает представление о том, как работает наш мозг Соединение выращенных в лаборатории клеток мозга дает представление о том, как работает наш мозг
Первая в России мультимодальная модель искусственного интеллекта –– в открытом доступе    Первая в России мультимодальная модель искусственного интеллекта –– в открытом доступе  
НИЯУ МИФИ проведет Всероссийскую олимпиаду для учителей физики «Лига лучших» НИЯУ МИФИ проведет Всероссийскую олимпиаду для учителей физики «Лига лучших»
Россияне предпочли восстановленные iPhone другим брендам Россияне предпочли восстановленные iPhone другим брендам

Оставить комментарий

Вы должны Войти, чтобы оставить комментарий.

©2015 - 2024 Актуальные Новости Сегодня. Все права защищены.
При копировании материалов активная гиперссылка на этот сайт ОБЯЗАТЕЛЬНА!